Vào tháng 6 năm 2016, các công ty của tập đoàn đã bị các công tố viên Hàn Quốc điều tra về việc lập quỹ đen và vi phạm lòng tin liên quan đến giao dịch giữa các công ty con.[14] Cuộc điều tra đã buộc đơn vị Lotte Hotel từ bỏ việc chào bán lần đầu ra công chúng và Lotte Chemical Corp rút khỏi việc đấu thầu cho Axiall Corp.[14] Phó chủ tịch Lee In-won được tìm thấy đã chết vào tháng 8 cùng năm đó. Ông ta bị tình nghi tự sát chỉ vài giờ trước khi bị các công tố viên thẩm vấn.[14] Lee được xem là trợ thủ hàng đầu của Chủ tịch Shin Dong-bin.[14]